Σύμφωνα με το με αριθμ.1019325/10265/Β0012/12-3-2004 έγγραφο της Δ/νσης Φορολογίας Εισοδήματος του Υπουργείου Οικονομίας και Οικονομικών οι Σχολικές Επιτροπές ως δημοτικά ή κοινοτικά νομικά πρόσωπα απαλλάσσονται από το φόρο εισοδήματος για τα κάθε είδους εισοδήματά τους, έχουν όμως υποχρέωση σύμφωνα με την παρ.2 του άρθρου 107 του ν.2238/1994 να υποβάλλουν δήλωση φορολογίας εισοδήματος νομικών προσώπων μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα έστω και αν δε φορολογούνται.
Η ανωτέρω δήλωση υποβάλλεται μέχρι τις 10 Μαρτίου κάθε οικονομικού έτους για τα εισοδήματα που απέκτησαν μέσα στο αμέσως προηγούμενο έτος, ανεξάρτητα αν τα εισοδήματα αυτά υπόκεινται ή όχι σε φορολογία. Το έντυπο της δήλωσης έχει κωδικό Φ.01.012 ,δίνεται από την εφορία και η συμπλήρωσή του είναι απλή. Συμπληρώνεται μόνο οι δύο τελευταίοι πίνακες στην κατάσταση εσόδων για τα Νομικά πρόσωπα μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα.
Σε περίπτωση μη υποβολής της φορολογικής δήλωσης εισοδήματος επιβάλλεται αυτοτελές πρόστιμο από 117 ευρώ μέχρι 1170 ευρώ, σύμφωνα με την παρ.1 του άρθρου 4 του ν.2523/97. Το πρόστιμο αυτό μειώνεται στο 1/3 κατά τη διοικητική επίλυση της διαφοράς σύμφωνα με την παρ. 6 του άρθρου 9 του πιο πάνω νόμου.
Σε περίπτωση που οι Σχολικές Επιτροπές απασχολούν προσωπικό, μισθωτούς ή ελεύθερους επαγγελματίες, υποχρεούνται να παρακρατούν φόρο εισοδήματος από μισθωτές υπηρεσίες ή από ελεύθερα επαγγέλματα με βάση τις διατάξεις των άρθρων 57 και 58 τουν.2238/94 αντίστοιχα, ο οποίος αποδίδεται στη ΔΟΥ της έδρας της Σχολικής Επιτροπής.